慶長4(1599)年、豊臣家の大老の筆頭であった徳川家康の推挙で丹後12万石に加え、豊後国杵築6万石が加増され、城代として重臣の松井康之・有吉辰行を置いた。これにより都合18万石の大名となった。慶長5(1600)年の関ヶ原の戦いでは東軍に加わった。豊後国では飛び地の杵築の杵築城が大友吉統に攻撃されたが、松井康之と有吉立行が防戦に尽くし、やがて救援に駆け付けた黒田如水により石垣原の戦いで大友吉統を打ち破った。徳川家康は慶長5(1600)年丹後12万石から豊前国中津33万9000石に国替えのうえ加増した。慶長7(1602)年より小城であった小倉城を九州の要とすべく大規模改修に取り掛かる。その後中津城から完成した小倉城に藩庁を移し、小倉藩初代藩主となる。重臣の松井康之を杵築城の城主として配し、領内の守りを固めた。
