三神とは比売（ひめ）神、誉田別尊（ほんだわれのみこと＝応神天皇）、大帯姫命（おおたちひめのみこと＝神功皇后）である。
比売大神は部落国家の地主神である。民俗学者の柳田国男氏は「玉依姫考」で次のように言っている。
「この玉依姫の別名を存する比売神は、そもそも八幡神の何に当る御方であろうか。八幡と称する王子神の御母、即ち天神（あまつかみ）の御妻と信じて祭り始めたものと思って居る。」
仏教的神である。八幡神がもっとも早く神仏混淆をなしとげた神である。真言密教の不動安鎮法を修する際に立てる八流の幡（はた）から「ハチマン」と呼ばれた。一般的には神は人の前に姿を現さない。ところが三神は像として現れているのは仏教の影響である。
第二は民俗学者の説で、宇佐・国東地方に仁聞（にんもん）菩薩の信仰が根強く存在するから、仁聞は人聞＝人母＝神母であり、八幡信仰は土俗の母子神信仰を中核とする巫女（みこ）信仰である。つまり八幡のひめ神が、神母で、神がかりとなって託宣をおこなうシャーマン（巫＝みこ）の祖＝玉依姫（たまよりひめ）である。
第三は鉱物を採取精選する鍛冶神であり、さらに発展して八幡神は火神であるという。瀬戸内海航行の海神という説がある。古代の朝鮮半島との交通関係から八幡神を新羅神とする。勝氏（かつうじ）や秦氏（はたし）等帰化人が存在したことから、これらの帰化人の報じる氏神である。そして「八幡神」の名は「弥秦」（いやはた）で、帰化人である秦氏と関係がある。
６世紀末、政府は仏教と融合した原始八幡と帰化人の勢力を利用するため、蘇我馬子のうしろだてで大和の大三輪（おおみわ）シャーマン大神比義（おおがのひぎ）を宇佐に移し、応神信仰を八幡に入れた。そしてひみ神と合体する。のち禰宜（ねぎ）の神として大帯廟（おおたちびょう）が成立して、神功皇后が祭神に加えられた。